It is not known exactly when the first immigrants arrived in Canada, but where that event occurred in what part of the country is certain.

but을 기준으로 앞쪽의 파란절은 가주어 it과 그것이 받는 when은 의문사 명사절,

but 뒤의 붉은 절을 보시면 where 의문사 명사절주어 + is certain 구조 인 것 같습니다만,

what은 의문형용사라고 판단했습니다. 뒤에 절이와야죠. 그런데where의 주어인 is certain이 있을뿐 what part에 해당하는 동사는 보이지 않습니다.

그래서 생각해본 것이, 의문문으로 바꾸면 아래와 같이 될텐데 ,왜 구조가 저렇게 된것인지 모르겠습니다.

in what part of the country did that event occurr?

But in what part of the country where that event occured/ is certain.

이렇게 써야 맞지 않을까요?

최초의 이주자들이 정확히 언제 캐나다에 도착했는지는 알려져 있지 않지만,

캐나다의 어느 곳에 최초의 이주자들이 도착했는지는 확실하다.